Прокуратурой комплекса признано законным возбуждение уголовного дела коррупционной направленности, связанное с хищением более 9 миллионов бюджетных средств. Основанием для возбуждения следственным отделом Следственного комитета России на комплексе «Байконур» данного уголовного дела послужили материалы проведенной прокуратурой комплекса проверки. По результатам рассмотрения материалов, направленных прокурором комплекса в следственный орган для решения вопроса об уголовном преследовании по факту выявленного хищения бюджетных средств в особо крупном размере, возбуждено уголовное дело по признакам преступлений, предусмотренных частью 5 статьи 33 – частью 1 статьи 285 (пособничество в злоупотреблении должностными полномочиями), частью 1 статьи 285 (злоупотребление должностными полномочиями) и частью 4 статьи 159 (мошенничество, совершенное в особо крупном размере) Уголовного кодекса Российской Федерации. Установлено, что в 2019 году сотрудники Государственного казенного учреждения «Инженерные работы», действуя из корыстных побуждений группой лиц с неустановленными на данный момент лицами, используя свои служебные полномочия вопреки интересам службы, предусмотрев в проектно-сметной документации заведомо завышенную стоимость капитального ремонта кровель жилых домов г. Байконур и искусственно создав условия для ограничения конкуренции, а также заключения государственного контракта с конкретной коммерческой организацией, под видом его исполнения похитили бюджетные денежные средства в размере более 9 миллионов рублей. В настоящее время по уголовному делу проводятся следственные действия, направленные на полное и объективное установление всех обстоятельств совершенных противоправных деяний, а также возмещения причиненного бюджету города Байконур ущерба. Ход расследования уголовного дела находится на контроле прокуратуры комплекса.