В августе 2016 года по результатам проведенной проверки прокуратурой комплекса выявлены нарушения требований налогового законодательства в части уплаты налоговыми агентами налога на доходы физических лиц. Выявленные нарушения требований налогового законодательства связаны с не перечислением исчисленного и удержанного налога на доходы в установленные законом сроки и влекут причинение ущерба бюджету города Байконур. В целях устранения допущенных нарушений закона прокуратурой комплекса в адрес руководителей ГУПБ и КУ и ГУП «ПО «Горводоканал» внесены представления. В данных актах прокурорского реагирования поставлен вопрос о привлечении к дисциплинарной ответственности виновных должностных лиц. В настоящее время представления находятся в стадии рассмотрения, реальное устранение выявленных нарушений в прокуратуре поставлено на контроль. Кроме того, в рамках проверки налогового законодательства прокурором комплекса Александром Трифоновым в 26 гарнизонный военный суд направлены исковые заявления о взыскании с налогоплательщиков причиненного бюджету города Байконур юридическими лицами: ООО «Вега», ООО «Лидер», ООО «БайконурСнаб», ИП Тенькаевой ущерба на общую сумму 193 тыс. 801 руб.