20 апреля 2016 года возбуждены очередные уголовные дела коррупционной направленности, связанные с хищением бюджетных средств. В частности, прокурором комплекса Александром Трифоновым признаны законными и обоснованными вынесенные следственным отделом Управления МВД России на комплексе «Байконур» постановления о возбуждении пяти уголовных дел в отношении директора ГУП «Дезстанция г. Байконур» Гульмиры Байшораевой. В настоящее время установлено, что Байшораева, обладая полномочиями по распоряжению денежными средствами указанного предприятия, в течение четырёх лет неоднократно совершала хищения вверенных ей денежных средств. Как выяснено в ходе проверки, Байшораева утверждала и предоставляла в бухгалтерию ГУП «Дезстанция г. Байконур» фиктивные документы об оплате ею гостиничных услуг во время нахождения в служебных командировках. В результате совершения данных незаконных действий Байшораева причинила возглавляемому предприятию ущерб на сумму более ста тридцати тысяч рублей. Уголовные дела в отношении Байшораевой возбуждены по признакам предусмотренного ч. 3 ст. 160 УК РФ преступления (присвоение, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, совершенные лицом с использованием своего служебного положения). В настоящее время решается вопрос об отстранении Байшораевой от занимаемой должности, прокуратурой комплекса готовятся документы в целях предъявления иска в суд о взыскании с последней суммы причиненного государству ущерба. Расследование данного уголовного дела прокурором комплекса взято на особый контроль.
